褐藻類のモズクやメカブ、コンブ、ヒジキなどの表面には海藻独特のヌルヌルがあります。
このヌルヌル成分がフコイダンです。
フコイダンは海藻の葉にある粘膜管から分泌されます。
引き潮のときなどで海藻が大気にさらされて乾燥するのを防ぐなど、外敵要因から自分を守る働きをもっています。
そのため、深い海域で成長する褐藻類よりも浅い海域で繁茂する褐藻類のほうがフコイダンの含有量が多く、海藻の中でもフコイダンが一番多く含まれているのはモズクです。
モズクは特に硫酸化フコースという成分が多く含まれています。
国内におけるモズクは東北地方から沖縄諸島までの日本海・太平洋岸の静かな湾内などに生息しています。「イトモズク（ホソモズク）」と「オキナワモズク（フトモズク）」の2種類が食用とされており、「オキナワモズク」のほうが栄養価が高く、食感なども良いことから、国内で消費されるモズクの90％以上がオキナワモズクのようです。
「オキナワモズク」という名前がついていますが、沖縄だけで採取できるものではなく、温暖な海に生育するモズクの種類を表しています。現在では養殖で「オキナワモズク」がつくられています。
オキナワモズクに比べると南太平洋諸島のトンガ王国のモズクは天然ものです。
天然のため、トンガ王国産モズクにはフコイダン成分が多く含有されていることが確認されています。
モズクに含まれるフコイダン成分について 琉球大学の研究によるとモズク（オキナワモズク）のフコイダンの化学組成は以下のとおりです。
| 全糖 |
67.2％ |
| ウロン酸 |
13.5％ |
| 灰分 |
23.0％ |
| 硫酸 |
11.9％ |
| 水分 |
3.2％ |
（ガンを攻略するフコイダンの威力より引用）
構成糖の大部分はL-フコースで、ほかにD-キシロースがわずかに含まれていることが分かりました。90％以上がフコイダンで、さらに、マイナスの電荷をもつ硫酸基（りゅうさんき）が多く結合しているため、ほかの食物繊維にはない優れた薬効があります。
また、コンブなどのヌルヌル成分からフコイダンだけを抽出しようとすると、ヌルヌル成分のひとつであるアルギン酸などが混入して精製するのに時間と手間がかかってしまいます。
コンブに比べるとフコイダンの含有量が5〜8倍もあるモズクのほうが、能率よくフコイダンだけを抽出でき余分な工程をかけないので良質なフコイダンといえます。
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